La couche rassemble les données de mares produites historiquement dans le cadre du Programme d’actions en faveur des mares de Franche-Comté et administrées dans le cadre du Pôle Milieux humides Bourgogne-Franche-Comté. La définition retenue d’une mare est « petite étendue d’eau stagnante, permanente ou temporaire, d'une surface de 5 à 2 000 m2 et d’une profondeur comprise entre 20 cm et 2 mètres, sans système de contrôle du niveau d'eau » Cet inventaire n’est pas exhaustif et les éléments localisés n’ont pas tous bénéficié d’une authentification de terrain.

Les sites du conservatoire du littoral ont pour vocation la sauvegarde des espaces côtiers et lacustres. Leur accès au public est encouragé mais reste défini dans des limites compatibles avec la vulnérabilité de chaque site. En complément de sa politique foncière, visant prioritairement les sites de fort intérêt écologique et paysager, le conservatoire du littoral peut depuis 2002 exercer son action sur le domaine public maritime. Ce mode de protection peut être superposé avec d’autres dispositifs réglementaires ou contractuels.

Un site Ramsar est un espace désigné en application de la Convention relative aux zones humides d'importance internationale, particulièrement comme habitats des oiseaux d'eau, dont le traité a été signé en 1971 sur les bords de la mer Caspienne (Iran). Son entrée en vigueur date de 1975, la ratification par la France de 1986. L'inscription à la liste mondiale des sites Ramsar suppose que le site réponde à un ou plusieurs critères démontrant son importance internationale