Il s'agit des sites naturels inscrits en région Bourgogne-Franche-Comté. Les données sont à jour du mois d'août 2019. Les objectifs sont la conservation ou la préservation d'espaces naturels ou bâtis présentant un intérêt certain au regard des critères prévus par la loi (artistique, historique, scientifique, légendaire ou pittoresque). Les sites peuvent être inscrits ou classés. L'inscription soit concerne des sites méritant d'être protégés mais ne présentant pas un intérêt suffisant pour justifier leur classement, soit constitue une mesure conservatoire avant un classement. En outre, elle peut constituer un outil de gestion souple des parties bâties d'un site classé en l'attente souvent d'une ZPPAUP. Enfin, elle peut également constituer un outil adapté à la préservation du petit patrimoine rural dans des secteurs peu soumis à une pression foncière (permis de démolir obligatoire).

Le sous bassin DCE administratif est un niveau intermédiaire d’agrégation entre la masse d’eau et le basin DCE. Il a été mis en œuvre fin 2008 à la demande de la Commission Européenne pour des objectifs de rapportage et de visualisation En France, le sous bassin DCE administratif est défini comme la zone de compétence des Commissions territoriales. Le sous bassin DCE administratif est dérivé du thème administratif BDCarto®. Sa représentation cartographique est l'agrégation des polygones des communes le composant.

Contours des réserves biologiques existantes (créées par arrêté ministériel) ou des projets ayant reçu l'avis favorable du CNPN (Conseil National pour la Protection de la Nature) mais encore en attente de leur arrêté de création. Dans les réserves biologiques intégrales (RBI), toute intervention humaine susceptible de modifier le milieu est proscrite : l'objectif de ces réserves est l'étude de l'évolution naturelle de l'écosystème. Dans les réserves biologiques dirigées (RBD), la gestion est orientée vers un objectif de protection d'espèces ou de milieux à haute valeur patrimoniale.

La couche rassemble les données de mares produites historiquement dans le cadre du Programme d’actions en faveur des mares de Franche-Comté et administrées dans le cadre du Pôle Milieux humides Bourgogne-Franche-Comté. La définition retenue d’une mare est « petite étendue d’eau stagnante, permanente ou temporaire, d'une surface de 5 à 2 000 m2 et d’une profondeur comprise entre 20 cm et 2 mètres, sans système de contrôle du niveau d'eau » Cet inventaire n’est pas exhaustif et les éléments localisés n’ont pas tous bénéficié d’une authentification de terrain.

Un parc naturel régional fait partie des espaces naturels protégés (ENP) qui sont des zones désignées ou gérées dans un cadre international, communautaire, national ou local en vue d'atteindre des objectifs spécifiques de conservation du patrimoine naturel. Les parcs naturels régionaux ont pour but de valoriser de vastes espaces de fort intérêt culturel et naturel, et de veiller au développement durable de ces territoires dont le caractère rural est souvent très affirmé. Ils sont créés suite à la volonté des collectivités territoriales (communes, communautés de communes, départements, régions) de mettre en oeuvre un projet de territoire se concrétisant par la rédaction d'une charte. Un parc est labellisé pour une durée de 12 ans maximum par l'État, et peut être renouvelé. Il se classe en catégorie V de l'UICN (paysages protégés). Un parc naturel régional peut concerner plusieurs régions et s'étendre en mer. Fichier de contour des 3 PNR qui concernent la Bourgogne-Franche-Comté, y compris pour leur partie de territoire qui est hors Bourgogne-Franche-Comté. A noter l'adhésion récente de 15 nouvelles communes au périmètre du PNR Ballons des Vosges par décret du n° 2019-156 du 1er mars 2019 modifiant le décret n° 2012-618 du 2 mai 2012 portant classement du parc naturel régional des ballons des Vosges.

La directive n°79-409 (CE) relative à la conservation des Oiseaux sauvages constitue un prolongement de la Convention de Paris du 18 octobre 1950 relative à la protection des Oiseaux sauvages pendant leur reproduction et leur migration. Elle concerne la conservation de toutes les espèces d’Oiseaux migratrices vivant à l’état sauvage sur le territoire des Etats membres, ainsi que leurs œufs, nids et habitats. Elle a pour objet la protection, la gestion et la régulation et en réglemente l’exploitation. Pour cela, les Etats doivent prendre des mesures réglementaires interdisant de tuer ces espèces, de les capturer intentionnellement ; d’endommager intentionnellement leur nids ou leurs œufs et d’enlever leurs nids, de ramasser leurs œufs, de les perturber notamment pendant la période de reproduction et de dépendance, de détenir les oiseaux dont la chasse et la capture ne sont pas permises. Sont interdits également, le transport, la mise en vente, la vente, l’achat ou la détention pour la vente des oiseaux morts ou vivants. La directive impose également aux Etats membres de prendre des mesures pour la préservation, le maintien ou le rétablissement des habitats des oiseaux. Afin de maintenir la diversité des habitats de ces oiseaux migrateurs, la directive préconise la création de zones de protection, l’entretien et l’aménagement des habitats situés à l’intérieur comme à l’extérieur des zones de protection, la création de biotopes ou le rétablissement des biotopes détruits

La directive européenne "Habitats faune flore" établit un cadre pour les actions communautaires de conservation d'espèces de faune et de flore sauvages ainsi que leur habitat. Cette directive répertorie plus de 200 types d'habitats naturels, 200 espèces animales et 500 espèces végétales présentant un intérêt communautaire et nécessitant une protection. Les zones spéciales de conservation (ZSC), actuellement plus de 20000 pour environ 12% du territoire européen, permettent une protection de ces habitats et espèces menacées.